
Museum Vrolikinianum, de privécollectie van Gerard Vrolik (1775-1859) en zijn zoon Willem (1801-1863), was gevestigd in het statige woonhuis van Gerard aan de Amstel. Het museum was in de negentiende eeuw uitgegroeid tot een vermaarde collectie, waaraan wetenschappers uit binnen- en buitenland zich kwamen vergapen. Vader Gerard Vrolik, hoogleraar plantkunde, verloskunde, anatomie en chirurgie, verzamelde vooral op het gebied van pathologische anatomie, een vakgebied dat in zijn tijd sterk in opkomst was. Zoon Willem, hoogleraar anatomie, fysiologie en dierkunde, prefereerde de vergelijkende anatomie en aangeboren afwijkingen.
Toen Willem Vrolik in 1863 stierf telde Museum Vrolik 5103 objecten. Hieronder bevonden zich zeldzame aangeboren afwijkingen zoals ‘dubbelde misgeboorten,’ cyclopen en sirenen, tientallen ‘ziekelijk misvormde beenderen,’ twee skeletten van dwergen, een enorme schedel van een volwassen man met waterhoofd en het skelet van de leeuw die koning Lodewijk Napoleon ooit bezat.

De weduwe Vrolik zag wel wat in verkoop van deze enorme verzameling. De collectie dreigde te worden opgedeeld en naar het buitenland te worden verscheept. ‘Een verlies voor de stad!’ oordeelde een aantal vooraanstaande Amsterdammers. Ze kochten de verzameling van de weduwe Vrolik en schonken hem aan het Athenaeum Illustre, de voorloper van de Amsterdamse universiteit.
Vanaf de jaren ‘50 en ‘60 van de negentiende eeuw hield een ‘gewone’ anatoom zich niet meer bezig met ziekten en dus ook niet met het collectioneren op dat gebied. Bovendien zorgde de evolutietheorie van Darwin (1859) voor een hele nieuwe kijk op het ontstaan van soorten. In de ideeënwereld van Willem Vrolik was een door god gegeven ‘vormkracht’ nog verantwoordelijk voor de ontwikkeling van een levend wezen, maar Darwins selectietheorie maakte die kracht overbodig.

De collectie-Vrolik vormt een ware tijdscapsule van vlak vóór de grote medische en wetenschappelijke veranderingen die de nieuwe tijd zou brengen, de negentiende-eeuwse wetenschappelijke ziel bleef in de verzameling.
Sinds september 2012 is de vaste presentatie van museum Vrolik geheel vernieuwd.
Het ‘nieuwe’ Museum Vrolik is een echt collectiemuseum geworden met ruim 1000 preparaten, skeletten en schedels. Er is geen duidelijke looproute: mensen kunnen dwalen langs de vitrines en zich verwonderen over een aangeboren afwijking of onze eigen bouw, ze kunnen speuren, zich verwonderen en vergelijkingen maken.